Nors diskusija baigesi pries ~1 metus, gal kam bus aktualu ir naudinga.
Mano nuomone QGIS (QuantumGIS) pranašesnė už MapWindow, nes savo galimybėmis ir plėtiniais artima ArcGIS'ui. (ArcMap ar ArcView)
MapWindow privalumas, jog išversta į lietuvių kalbą (QGIS kol kas ne). Skirta pagrinde darbui su SHP'ais.
QGIS dirba su didesniu kiekiu formatų ir duomenų šaltinių (duomenų bazės, WMS, WFS servisai ir pan.) turi nemažą kiekį prieinamų nemokamų plėtinių.
Plačiau apie ją
www.qgis.orgTam taip pat sukurtas lietuviškas forumas
http://forumai.akl.lt/forum/73/geoinfor ... temos-gis/